Como encontrar artigos científicos
Recentemente, recebi um email me perguntando como encontrar bibliografia pertinente para alguém que está começando a pesquisa. Aproveitando a técnica do blogueiro acadêmico preguiçoso ocupado, melhor transformar a resposta em um post e aproveitar o contexto de redes sociais e publicação científica que tenho tratado. Adianto desde já: o melhor é aproveitar o filtro social. [update] Leia também o comentário do Takata, com mais fontes muito boas.
Depois de anos lendo sobre uma área, criamos preferência por certos autores, revistas e palavras-chave, o que torna a busca muito mais fácil. Mas, em grande parte graças ao blog, estou sempre precisando buscar bons artigos sobre áreas que não tenho grande familiaridade. É principalmente para estas situações que vou dar as dicas a seguir. São dicas pré-leitura, sobre como achar o artigo. Como ler e identificar um bom artigo é outra coisa, e nem sei se consigo definir ou escrever sobre.
Google Scholar
Quase não faço mais buscas no PubMed, por um motivo bem simples. Além das ferramentas acima, como o perfil de autor com citações, índice H e sugestões de bibliografia relacionada, gosto muito da forma como o Scholar organiza os resultados de busca, artigos com mais citações aparecem acima. Para quem está interessado nos artigos mais recentes, basta um clique em organizar por data. Mas, como disse, o foco aqui é em quem está começando a ler sobre uma área, e os artigos mais citados tendem a ser os que mais estão contribuindo.
A imagem acima mostra as várias coisas que facilitam no Scholar. O botão de PDF na direita, ou mesmo dentro o All versions já me ajudaram a encontrar muitos artigos aos quais não tinha acesso. Sempre vale ver onde mais o Google encontrou aquele trabalho. O Import to Endnote resolve o problema do Endnote não encontrar a referência na busca interna. E o Cited by mostra os artigos que citam aquele, também dispostos em ordem de citações. É o que mais uso quando quero ver os trabalhos mais relevantes em uma área. Frequentemente me perco clicando em Cited by e termino descobrindo diversos artigos que valem a leitura.
Mendeley
Procurar sobre o tema no Mendeley também pode render ótimos achados. Além de poder saber quantas pessoas estão lendo aquele artigo, outra métrica informativa, não fiquemos apenas com as citações, também é possível ver as palavras associadas e grupos temáticos, o que aumenta bastante a abrangência e ajuda a encontrar trabalhos importantes que não seriam buscados intencionalmente. Um dos lados bons de ferramentas de busca é que encontramos exatamente o que estamos procurando. Um dos lados ruins de ferramentas de busca é que encontramos exatamente o que estamos procurando. O Mendeley e redes do tipo são uma boa forma de ter contato com mais do que estamos procurando.
Perfil do pesquisador no ResearchGate
Encontrou um trabalho relevante, e quer receber os novos artigos de um dos autores? Siga o perfil dele no ResearchGate. Mesmo que ele (ou ela) não tenha um perfil criado, o site cria um perfil automático que busca e atualiza as publicações, trazendo tudo para um lugar só.
Blogs
Não poderia escrever sem puxar sardinha citar uma das fontes mais interessantes, blogs e podcasts sobre o tema. Sou especialmente grato ao This Week in Virology por me trazer sempre conteúdo novo, relevante e comentado. Sim, comentado, com artigos explicados e debatidos, muitas vezes por um dos autores, o que acrescenta ainda mais quando vou lê-lo. Além de acrescentar no trabalho, também ensina a ler e interpretar artigos.
Recomendo também buscar um artigo no ResearchBlogging, por exemplo, para ler o que estão escrevendo sobre ele e ganhar novas perspectivas. Sempre surgem novas interpretações, comentários e ligações com outros trabalhos.
Wikipedia
Não importa se você confia na Wikipedia ou não. Por mais que ela possa ser editada por leigos, e possa conter informações erradas, as referências ao final de um artigo são uma ótima fonte de pesquisa. Se esse é o foco, perfeito. Alguém leu o artigo e considerou ele relevante o suficiente para incluí-lo em um texto sobre o tema, o que é um filtro bastante eficiente para encontrar artigos relevantes, inclusive com mais chances de serem citados. Tendo como referência o HIV, as referências de textos da Wiki costumam ser boas e constantemente atualizadas.
Redes sociais, artigos científicos e novas métricas
No post anterior, discuti um pouco sobre as novas formas de compartilhar e medir o impacto da pesquisa. Agora, o SciELO publicou o vídeo do seminário. Ou melhor, os vídeos, pois ele foi quebrado em seis partes. Para organizar as ideias todas em um mesmo lugar, seguem os vídeos (a apresentação começa mesmo aos 8 minutos) e o material da apresentação:
Parte 2 // Parte 3 // Parte 4 // Parte 5 // Parte 6
Aqui vão os slides:
E o material de referência, links e artigos citados na apresentação, bem como outros relacionados. Recomendo especialmente o material de Jason Priem, um dos pesquisadores mais engajados em novas métricas. Quem tiver material relacionado, e puder compartilhar os links nos comentários, agradeço e incluo na lista.
Science Communication on the Web and Altmetrics is a group in Computer and Information Science, Education on Mendeley.
Te vejo na Campus Party 2012
Crédito: campuspartybrasil
Sábado, dia 11/02 às 16:45 estarei no Campus Party em uma mesa redonda do Campus Ciência – Astronomia e Espaço, falando sobre como blogs e outras mídias tratam de ciência na internet (com transmissão ao vivo aqui). Terei o prazer de participar com:
Kentaro Mori – Comparsa de ScienceBlogs e autor do 100nexos e do Ceticismo Aberto, entre outras iniciativas.
Rafael Soares – Vizinho de ScienceBlogs no RNAm.
Dulcídio Braz – Autor do Física na Veia!
Deive Pazos e Alexandre Ottoni, autores do Jovem Nerd e do Nerdcast, que sempre contra com a participação Caio Lúcio, famoso Bluehand.
Cadê você no ResearchGate?
Conheci ano passado uma rede social com uma proposta bem diferente, o ResearchGate. Bolado pelo virologista e programador Ijad Madisch em 2008, foi pensado como uma rede para comunicação entre cientistas. Para quem já viu o inferno que é achar a carreira de um pesquisador internacional se ele não tiver página própria, é uma ótima saída.
Aqui no Brasil, temos a plataforma Lattes, que é mantida bem atualizada por quase todos os pesquisadores coagidos incentivados pelas agências de fomento, que não aceitam projetos de quem não atualiza os dados. É uma rede exemplar, que muita gente em outros países elogia. Mas não existe alternativa internacional equivalente. Quando o pesquisador não tem uma página pessoal atualizada, depende-se de achar os artigos no PubMed, Google Schoolar e similares, e contar com a sorte de não haver muitos cognatos.
O ResearchGate resolve muito disso. Ainda ajuda com um problema que tive recentemete. Conheci gente competente da minha área no Twitter, queria uma alternativa para compartilhar e discutir artigos, e acabei apelando para o Posterous. Enquanto o ResearchGate é uma solução muito mais cabível. Além de permitir o compartilhamento de artigos na timeline, ainda possui uma ferramenta de blog interno bastante prática – que carece de uma integração com o ResearchBlogging e DOI, que facilitaria muito a busca por citações. Também dei por falta de uma integração com o Rainha Vermelha, como as páginas do Facebook, inclusive para criar um perfil para o ScienceBlogs.
Também tem algo muito legal que é o compartilhamento dos artigos próprios. Sem a formatação dos periódicos onde ele foi publicado, claro, pois trata-se de trabalho acrescentado por eles. Pode se tornar uma excelente fonte de artigos para quem não tem acesso à revista. Não sei se o Google faz a indexação dos pdfs, mas seria ótimo.
Algo que ainda preciso colocar em uso são os tópicos. Uma ferramenta que permite fazer e responder perguntas de áreas de interesse, e pode ser uma boa para interagir com futuros colaboradores
A maior reclamação que tenho – e foi parcialmente sanada pela reportagem da Agência Fapesp, que me trouxe uns 50 seguidores – é a falta de brasileiros. O serviço indica pesquisadores com base em sua área de pesquisa e localização geográfica, e as sugestões que recebi eram de gente bastante distante do que me interessa. Seguir os pesquisadores que mais leio também seria muito bom. Algo normal para uma rede no início, que provavelmente deve ser sanado conforme ela cresce. Para quem quiser me adicionar por lá, meu perfil é este aqui: http://www.researchgate.net/profile/Atila_Iamarino/.
Para organizar e buscar os artigos, especialmente por conta do programa de desktop que ultimamente tem toda a minha biblioteca e anotações, e vai ser fundamental na organização da minha tese, ainda sigo usando o Mendeley. E logo vou precisar contratar espaço.
Links da semana
[não que eu poste links semanalmente, mas eu precisava de um título]
Ficam as dicas para o fim-de-semana:
Antes de tudo, as miss simpatia da web Lucia Malla lançou o novo blog dela, visitem!
Um infográfico bem direto sobre quanto se gasta em ciência contra o câncer vs. guerra nos EUA.
Ainda em 2007, mas só lembrado agora, castanhas do Pará causaram o primeiro caso de alergia sexualmente transmitida.
O Gustavo Gitti criou a receita para pseudo-documentários nova era. E sempre vale lembrar o fantástico post do Dragão na Garagem.
O Bernardo Esteves fez um Tumblr muito bom com imagens científicas derivadas do Questões da Ciência (que também tem posts impredíveis).
Filhotes de morcego são muito fofos, a cara do Boo.
Cientistas são os profissionais que mais bebem café.
Um texto imperdível do Carl Zimmer no NYTimes sobre fungos, mesmo se você não tiver inglês para acompanhar, a galeria de fotos é linda.
Uma reflexão muito boa sobre o mártir na ciência, aquele que defende idéias que ningém mais acredita, e como a validade está de fato nos dados.
Darwin, aquele cara das ervilhas e drosófilas, segundo Ana Maria Braga.
Por fim, você sabia que o Rainha Vermelha tem uma página no Facebook? E já viu a página do ScienceBlogs Brasil no Facebooki? E nosso Twitter?
Venha para o ScienceBlogs
Para aqueles que têm um blog de ciência, ou pensam em ter, e se identificam com a filosofia do ScienceBlogs, estamos convidando blogs para nossa rede. A chamada vai até 31/10, basta preencher o formulário deixado no post do Raio-X.
Sei de muitos blogs que teria o maior prazer em ter como vizinhos.
Há quase dois anos fizemos a última chamada para novos blogs em nossa rede, que nos rendeu bons novos vizinhos: o Amigo de Montaigne, o Bala Mágica e o Química Viva, além do Divã de Einstein, que veio via Tubo de Ensaios, nosso blog incubador de novos autores. Desde então, estávamos ocupados com novas mudanças e nos acertando na nova plataforma, e não podíamos receber novos blogs com a atenção que merecem.
Eis que estamos estabelecidos, e mais do que atrasados para convidar mais autores a bordo!
Repetindo o que fizemos em 2009, vamos abrir duas seleções. Uma para blogs já estabelecidos, para pessoas que têm blogs há mais de três meses (em 10/11), e outra para pessoas que têm blogs mais novos ou que ainda não têm blogs.
Inscrições até o dia 31/10
Foto:
Dos pepinos espanhóis ao genoma nos blogs: E. coli patogênica na Alemanha
Como bactérias saltando entre intestinos e genes saltando entre bactérias vão para sua salada.
Escherichia coli Fonte: Wiki
Desde a segunda metade de maio, a Alemanha vem sofrendo de casos de síndrome hemolítico-urêmica (HUS) infecciosa. Os sintomas são diarréia sanguinolenta, dores abdominais, vômitos e presença de sangue na urina, em mais de 600 casos envolvendo até dia 05 de maio (hoje) 15 mortes. O agente causador foi confirmado como a variante enterohemorrágica de Escherichia coli O104:H4 (EAggEC VTEC), que além da síndrome hemolítico-urêmica causou outros 1536 casos de infecção que incluem 6 mortes.
A princípio, a contaminação foi ligada a pepinos espanhóis, fonte que foi descartada posteriormente em um embaraço internacional que gerou a foto da ministra espanhola abaixo. A fonte mais provável até o momento parece ser brotos de feijão produzidos na própria Alemanha, mas de qualquer forma não é recomendado o consumo de vegetais produzidos no país como um todo.
Mas, para entender melhor o que está se passando, quem é esta E. coli e como ela (não) foi parar no pepino, precisamos ir um pouco mais a fundo…
(Foto: Francisco Bonilla / Reuters)
Da fralda de bebês ao O104:H4
Isolada em 1885 pelo pediatra alemão-austríaco Theodor Escherich das fezes de crianças alimentadas apenas com leite materno, a Escherichia coli foi nomeada por seu descobridor Bacterium coli-communis, ou bactéria comum do intestino. Ela só recebeu seu nome moderno como homenagem a Theodor em 1918, e desde então é o ser vivo mais estudado e conhecido pela ciência [1].
Sua classificação e nomenclatura foi baseada no reconhecimento de suas moléculas por anticorpos, técnica bastante comum em microrganismos antes das tecnologias mais recentes de sequenciamento de DNA, mesmo princípio que serve para nomear variantes do influenza. As variantes de seu flagelo, proteína que a bactéria usa para se locomover no meio líquido, são chamadas de H, do alemão Hauch, no sentido de nuvem, por causa do movimento das bactérias. Quando tratadas com álcool, elas perdiam os flagelos, ficando sem movimento, Ohne Hauch, expondo seus antígenos O. Hoje sabemos que os antígenos O são lipídios da membrana externa desta bactéria. Atualmente, são conhecidos mais de 170 antígenos O e 56 antígenos H [2]. Assim, esta linhagem recebe seu nome por conter a variante 104 de O e 4 de H.
Conforme o sequenciamento relâmpago feito pelo BGI (Beijing Genomics Institute), um centro de pesquisa chinês, trata-se de uma variante inédita de O104 – que segundo o Mike, the Mad Biologist não é tão nova assim, e talvez circule desde 2001. Esta linhagem compartilha mais de 90% de seu genoma com a linhagem EHEC 55989 conhecida por causar diarréia grave isolada da República Centro-Africana.
De inofensiva ao EAggEC VTEC
Quando falamos E. coli, nos referimos a uma espécie de bactéria que possui muito mais faces do que o nome revela. Se organismos complexos como animais possuem linhagens distintas por genes compartilhados e com algumas diferenças entre si, uma mesma espécie bacteriana pode apresentar uma variedade de genes únicos de algumas linhagens. Bactérias trocam genes em uma quantidade absurda.
Graças a esta troca toda de material genético, a E. coli é capaz de adquirir diversos estilos de vida diferentes, de acordo com o que carrega. A linhagem EHEC 55989 por exemplo, possui proteínas que permitem que ela se prenda na superfície do intestino, sendo muito mais persistente que a variante mais comum em nossos intestinos e causando diarréias graves por conta da inflamação que desencadeia. Esta capacidade de se ligar à células intestinais, inclusive células epiteliais em cultura, foi o que deu seu nome, E. coli EnteroAgregativa, EAggEC [3].
Outro gene que a linhagem O104 adquiriu e é a fonte da síndrome hemolítico-urêmica que causa é a verotoxina. Seu nome vem da capacidade de destruir células Vero em cultura. Esta toxina é formada por duas subunidades A e B. A subunidade B reconhece proteínas que ficam na superfície das células epiteliais de vasos sanguíneos e lança a subunidade A para dentro delas. Uma vez dentro da célula, a subunidade A impede o funcionamento dos ribossomos e bloqueia a produção de proteínas celulares, matando-a.
A destruição das células epiteliais dos capilares sanguíneos pela VeroToxina da E. coli, ou VTEC, faz com que estes vasos se rompam e ocorra sangramento. O sangramento nos intestinos causa a diarréia hemolítica, e a destruição dos vasos dos néfrons, unidades filtradoras de sangue nos rins, causa os problemas urêmicos.
Do intestino de outros animais ao nosso
Existem diversas linhagens EnteroHemorrágicas de E. coli, as EHECs, muitas das quais habitam o intestino de animas de criação. Como a verotoxina e outras similares precisam reconhecer proteínas de superfície da célula, e animais como o gado e os porcos muitas vezes não possuem tais receptores, eles podem ser hospedeiros assintomáticos destas bactérias.
Quando a água utilizada na irrigação dos vegetais está contaminada, ou o adubo animal no caso dos alimentos orgânicos, a E. coli patogênica pode sobreviver dias. E a contaminação também pode ocorrer durante o transporte e no processamento dos alimentos, algo que não pode ser descartado neste surto alemão. Outros casos de EHECs já foram ligados a carne contaminada, inclusive hambúrgueres.
Um dos maiores problemas desta fonte é que muitas vezes criadores dão antibióticos aos seus animais, para aumentar o ganho de peso ou mesmo conservar a carne depois de processada. A consequência direta é que muitas linhagens patogênicas possuem genes de resistência a antibióticos que dificultam em muito seu tratamento. Esta linhagem de O104 possui genes de resistência a pelo menos três classes de antibióticos, que incluem drogas de uso comum como Amoxicilina, Tetraciclina e Ampicilina, segundo o sequenciamento feito pelo BGI e o relatório do Instituto Robert Koch.
Do sequenciamento aos blogs
Como uma boa epidemia moderna, todo tipo de dado já está disponível sobre este surto. A exemplo da epidemia de H1N1 de 2009, BGI já disponibilizou o genoma da O104 no NCBI, e vem atualizando seu Twitter constantemente com informação mais recente. Um GitHub também já foi criado para a análise de dados colaborativa.
Aliás, algo que me deixou positivamente surpreso é quantidade de análise que está sendo publicada em blogs. Sim, antes de qualquer grande artigo na Nature, Lacet ou Science, blogs escritos por pesquisadores estão publicando as primeiras análises do genoma sequenciado. Se quiser acompanhar, aqui vão os primeiros posts:
EdgeBio – First Look Analysis of Deadly E. Coli in Germany
Pathogens: Genes and Genomes – EHEC Genome Assembly
bacpathgenomics – EAEC / STEC genomes
bacpathgenomics – EHEC genomes
Fontes:
[1] Zimmer, C. (2008). Microcosm: E. Coli and the New Science of Life (p. 256). Knopf Doubleday Publishing Group.
[2] Schaechter, M., & Lederberg, J. (2004). The desk encyclopedia of microbiology (p. 417). Academic Press.
[3] Wiedmann, M. (2011). Genomics of Foodborne Bacterial Pathogens (p. 133). Springer.
Synbio e a biologia sintética
Durante muito tempo a estratégia para estudar sistemas biológicos foi reducionista. Isolamos um gene, uma proteína, uma via, um composto para estudar e algum dia esta informação será inserida em um contexto maior para compreender como a vida funciona. Mas nem sempre o mais complexo pode ser explicado do mais simples.
Twitter científico
Em uma tentativa de atualizar a lista de 2009 do Brontossauros de twitteiros relacionados à ciência, estou tentando cadastrar os perfis. Então, se você se identifica com a causa e gostaria de incluir seu nome na lista, por favor, preencha o formulário abaixo (e repasse):
Seleção de posts no ResearchBlogging
Atualizando minha leitura dos posts do ResearchBlogging em português, me deparei com alguns textos que recomendo:
