Quer acessar artigos científicos sem assinatura ou melhorar sua leitura no computador? O NCBI pode ajudar!
O National Center for Biotechnology Information (Centro Nacional para “Biotecnologia da Informação”), ou NCBI, tem duas ferramentas excelentes para ajudar quem gosta de ler artigos científicos e também para quem não aguenta mais ler esses arquivos em PDF no computador.
A primeira recomendação é para quem não tem acesso às assinaturas caríssimas de periódicos científicos. Chama-se PubMed Central http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/ e é um braço da base dados PubMed que possui conteúdo 100% aberto, independentemente de qualquer tipo de assinatura, cadastro, afiliação etc.
É só acessar o link e fazer uma busca pelo assunto de interesse. Encontrou os artigos? Pode baixar quantos quiser!
A outra ferramenta do NCBI que quero indicar é uma novidade que me agradou muito: o PubReader http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/pubreader/ foi desenvolvido para oferecer uma leitura otimizada dos artigos disponíveis na PubMed Central. Direto do browser, sem PDF.
Cliquem na imagem abaixo para uma explicação rápida de como ele funciona e no link de exemplo para ver como um artigo é apresentado no PubReader:
Exemplo: Correlation analysis of the side-chains conformational distribution in bound and unbound proteins (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3479416/?report=reader).
Pessoalmente, adorei a nova apresentação e torço muito para que essa ferramente seja replicada para outras bases! Aposto que vai ser especialmente bom para leitura em tablets e smartphones.
E vocês, o que vocês acharam do novo visual?
P.S. 1: Tenho que mencionar que o Brasil também possui uma opção muito boa de acesso livre a periódicos chamada Portal Periódicos CAPES http://www.periodicos.capes.gov.br/, mas vou escrever um texto específico sobre ele que vale à pena.
P.S. 2: Sim, estou vivo e a maior novidade de todas é que estou morando nos EUA desde Setembro. Vim para cá pelo programa Ciência Sem Fronteiras fazer um ano de doutorado-sanduíche no MIT, em Cambridge. More on that later =)
Resultados do Ato Público contra a nova distribuição dos royalties do petróleo.
Dias atrás comentei a realização de um Ato Público encabeçado pela Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência (SBPC) e pela Academia Brasileira de Ciências (ABC) contra o projeto de lei que prevê a redistribuição dos royalties do petróleo.
As críticas à Proposta de Lei Substitutiva 448 extrapolam a cobertura da mídia sobre o entrave entre os Estados e Municípios produtores e não produtores, baseando-se no fato de a nova proposta extinguir itens que tratam da destinação de percentagens específicas para Ciência, Tecnologia & Inovação previstos na legislação vigente.
Salão Nobre lotado para o início das discussões. Ato Público realizado em São Paulo no dia 7 de Novembro de 2011. (Imagem: arquivo pessoal)
O evento terminou com a decisão das entidades organizarem um movimento para solicitar aos deputados da Câmara Federal mudanças no PLS 448 que destinem por lei percentuais para as áreas supracitadas. Um resumo do Ato foi publicado pela SBPC em “Já a partir de 2012, os fundos setoriais perderão quase metade do valor atual“.
O ScienceBlogs Brasil manifestou seu apoio à questão pela publicação do artigo “Royalties do Petróleo: Educação, Ciência, Tecnologia & Inovação e o PLS 448” no blog Raio-X. O texto contém explicações sobre o tema e foi elaborado para que todos tenham mais conhecimento sobre o assunto.
Acessem!
Royalties do Petróleo: Educação, Ciência, Tecnologia & Inovação e o PLS 448
Terrorista que acredita em Exterminador do Futuro manda bomba a cientistas
O bomba do filme Exterminador do Futuro trazida à realidade?
Olhe o absurdo: um cientista da computação mexicano recebe uma caixa com o aviso “parabéns, aqui está o prêmio que você ganhou”. Ao abrir, o pacote explode. Era uma bomba. Armando Herrera Corral e seu colega Alejandro Aceves López estão hospitalizados, e só não estão em um necrotério porque a bomba não explodiu completamente, mas havia explosivo para derrubar um pedaço do prédio.
Em abril e maio outras bombas foram enviadas para um centro de nanotecnologia mexicano, que por sorte falharam.
Os terroristas são um grupo que odeia cientistas que trabalham com nanotecnologia e computação, por acharem que o mundo vai ser dominado por uma inteligência artificial. Os caras acham que Exterminador do Futuro era um documentário, fala sério.
Como tudo que eles querem é publicidade eu não coloquei o nome do grupo aqui. Se você quiser mesmo saber pode achar facilmente por aí.
Ataques a bomba a cientistas não são novidade, mas normalmente os terroristas são ativistas pelos direitos animais. Destroem casas, carros e laboratórios por todo o mundo e aqui no Brasil também. Um laboratório já foi totalmente destruído e um amigo bem próximo, trabalhando no laboratório de uma das maiores universidades de São Paulo, atendeu o telefone para ser avisado que devia sair do prédio pois havia uma bomba no jardim. E era uma bomba mesmo! De terroristas pró-animais-não-humanos – afinal, lembre-se que nós somos animais também. E novamente não vou dar nomes para não dar publicidade ao grupo.
Esses caras estão num nível de loucura tão grande que um colega foi a um congresso de bem-estar animal, afinal quem trabalha com animais se preocupa sim com seu bem-estar, mas percebeu que o congresso só tinha pessoas anti-experimentação animal(-não-humano). E se deparou com um dos ícones desse movimento dizendo que as pessoas não sabem fazer ameaças direito, e passou a ensiná-las como fazer! “Tem que descobrir onde o filho do pesquisador estuda, colocar um bilhete na mochila do moleque, pra saberem que você sabe da vida dele”!!!
Eu tenho medo desse pessoal anti-experimentação. Eles são sempre muito agressivos em discussões. Veja um desses meus encontros com eles aqui.
Eu entendo a motivação desse pessoal, mesmo não concordando com eles, mas partir pra violência não tem cabimento nenhum.
E, desculpem meu humor negro, mas eu queria dizer outra coisa com “precisamos fazer a ciência bombar no Brasil”.
[Leia aqui o que eu senti quando sacrifiquei meu primeiro animal]
Vi no NatureNews
Dica do Igor Z
Tratamentos virtuais, resultados reais.
- Dores causadas por punções ou acessos venosos: em estudos de 2004 e 2005, adultos e crianças em quimioterapia mostraram redução significativa dos índices de dor quando jogavam Virtual Gorilla, em que o jogador é um gorila em seu habitat. No entanto, outras distrações (não necessariamente realidade virtual) tiveram desempenho semelhante, de modo que o assunto se encontra em discussão.
- Colocação de acesso intravenoso: um estudo de 2006 realizado com crianças utilizando o jogo Street Luge, de skate, trouxe resultados promissores, mas ainda inconclusivos.
O artigo comentado aborda utilizações bem sucedidas da tecnologia dos games, assunto recorrente no RNAm, e vai prá lista de argumentos contra os reclamões que só conseguem enxergar jogos como diversão, “perda de tempo” e coisa de moleque não quer crescer.
Se quiser ver os outros exemplos discutidos pelo Rafael e por mim, visite:
- World of Warcraft nada. Use seu tempo jogando pela ciência!
- Como criar seu próprio exército de cidadãos-cientistas.
- Como uma proteína chega à sua forma? Pergunte ao seu PS3!
Dica da @linagarrido ressucitada pela matéria “A cura pela realidade virtual”, publicada em Março de 2011 na Isto É Independente.
KM Malloya & LS Milling. The effectiveness of virtual reality distraction for pain reduction: A systematic review. Clinical Psychology Review. Vol. 30, Issue 8, Pag. 1011-1018 (2010).
doi:10.1016/j.cpr.2010.07.001
Ônibus espacial: Embalagem retornável para o espaço valeu a pena?
Assim termina o programa de ônibus espaciais da NASA, o Projeto Constelation.
A Atlantis voará e fim. A pergunta é: valeu a pena? Muita gente critica o gasto deste programa, afinal levar e trazer um ônibus é muito caro. Exatamente 100 bilhões de dólares. E eu mesmo sempre tive essa dúvida, se vale a pena esse gasto. Para a ciência foi importante, claro, afinal temos o Hubble e suas fotos e descobertas, além das aplicações tecnológicas desenvolvidas para viagem espacial e aplicadas hoje em nosso dia-a-dia (Clique aqui para ver uma animação bem legal mostrando tecnologia espacial que já usamos no banheiro ou na cozinha).
Mas não teríamos avançado mais por menos dólares se tivessem investido em foguetes sem volta e viagens não tripuladas? Eu acho que sim.
Talvez o que tenha acontecido é que chegaram dois projetos na mesa dos caras, um dos ônibus espaciais retornáveis e outro dos foguetes descartáveis (tática russa) e na hora de decidir quiseram inovar, mas escolheram a que acabou sendo mais cara, fazer o quê? Acontece. Importante é saber a hora de parar.
Segue aqui um texto muito bom do José Monserrat Filho, chefe da Assessoria de Cooperação Internacional da Agência Espacial Brasileira (AEB), e que respondeu várias perguntas que eu tinha sobre isso. LEIA!
A revista britânica The Economist, edição de 30 de junho, anuncia "o fim da Era Espacial" (The end of the Space Age). Como subtítulo, a matéria de capa adianta algo para se começar a entender sua proposta: "O espaço interior é útil. O espaço exterior é história" (Inner space is useful. Outer space is history). A primeira frase parece correta, a outra, nem tanto. Continue lendo
Só um comentário: sobre a exploração para viagens particulares ao espaço ele diz que é um luxo inútil, mas eu não tiro a razão de quem sonha em fazer isto. Veja este vídeo do avião que voa mais alto do mundo e tire suas conclusões.
E se todo ser humano pudesse passar por essa experiência, o mundo mudaria?
Bônus: Space Tourists – este documentário passou na TV Cultura, mostra uma dicotomina interessante entre turistas espaciais milhonários e catadores de lixo espacial russos. MUITO BOM!!!
Veja o coração de uma aranha e o porquê de se estudar isso
Eu não sou zoólogo, mas dá pra não se apaixonar pelas aranhas?! Para isso é so olhar essas coisas sensacionais que outro não-zoólogo apaixonado juntou no Rainha Vermelha.
Aqui na BBC tem o vídeo de uma ressonância magnética em uma aranha! Coisa que eu nunca tinha visto antes. E dá pra ver o coração batendo! Sim, aranhas parecem cruéis mas elas tem coração, ou algo que se parece com um.
Não é tao bonito quanto elas por fora, mas ainda sim vale a pena.
Para que estudar o coração da aranha?
Bom, imagine como é dificil definir os batimentos delas: um estetoscópio bem pequenininho e impreciso ou enfiar uma agulha dentro da aranha. Melhor mesmo a ressonância.
Interessante que na reportagem o pesquisador diz que pode ajudar a pesquisa com venenos e “venenos tem aplicação na agricultura como pesticidas”. Isso parece o papo de pesquisador que precisa pôr no projeto algum objetivo intere$$ante economicamente para poder receber dinheiro para a pesquisa.
Mas o mais legal (e aposto que é a real intenção do pesquisador) é que pode-se usar a ressonância no cérebro do bicho, e talvez até estudar seu comportamento por dentro, como é feito em humanos no escaneamento funcional (fMRI), ajudando assim no estudo da evolução do comportamento e da inteligencia.
Caixa enviada por primatas filma espaço
Incrível pensar que uma caixa metálica enviada por primatas da Terra a milhares de Km pode filmar coisas tão lindas e interessantes e que acabam fazendo estes primatas entenderem mais sobre o espaço, seu mundo e sobre eles mesmos.
Vi no AstroPT via @scienceblogsbr
Super-Sequenciamentos de DNA e a lei de Moore
Dia 19 de abril é o aniversário da Lei de Moore que diz, segundo a Wikipedia “…[em 1965] o então presidente da Intel, Gordon E. Moore fez sua profecia, na qual o número de transistores dos chips teria um aumento de 100%, pelo mesmo custo, a cada período de 18 meses. Essa profecia tornou-se realidade e acabou ganhando o nome de Lei de Moore.”
fig: A evolução dos precessadores e a lei de Moore
Uma profecia e tanto, porque é um ritmo frenético, concorda? Eu ainda lembro quando jogava Space Invaders no meu XT sei-lá-o-que na tela fósforo verde.
O engraçado é que, sem saber do aniversário, eu ouvi sobre a lei de Moore essa semana. Mais do que isso, ouvi sobre algo que anda mais rápido que a lei de Moore: a potência do sequenciamento de DNA.
O RNAm foi convidado para o lançamento da nova tecnologia de sequenciamento da Life Technologies, o Ion Torrent. Muito legal a tecnologia e parece que vai revolucionar a área de sequenciamento mesmo. Se você é da área entre no link caso se interesse, vale a pena (como não sou da área, não vou entrar em detalhes). Só vou dizer uma coisa: essa coisa consegue detectar a mudança de pH gerada pela liberação de hidrogênio quando uma base, A,T, C ou G se liga à fita a ser sequenciada!
Bom, neste evento foi citada a lei de Moore para compará-la com a evolução da tecnologia de sequenciamento. Veja aqui a comparação do custo de um genoma e o custo dos processadores:
Isso muda muita coisa. Com sequenciamentos baratos e rápidos, áreas como a epidemiologia vão mudar, e já estão mudando muito. Técnicas como arrays irão aos poucos sumir, dando lugar ao todo-poderoso, direto e inequívoco sequenciamento.
E já tem muita gente no Brasil fazendo muita coisa com sequenciamento. Duas palestras muito interessantes: uma com o pessoal da bioinformática da FioCruz, o Cebio, que oferecem uma estrutura de análise e planejamento de sequenciamento e tem parcerias com vários pesquisadores e empresas; outra coisa interessante é a Rede Paraense de Genômica e Proteômica, da UFPA, um centro com muita estrutura e colaborações, isso tudo fora do sudeste.
Esses dois centros são muito importantes, sabe porque? Porque máquinas como o Ion Torrent estão deixando o sequenciamento cada vez mais fácil, mas o que fazer com aquele monte de letras ACTG? O funil do conhecimento nessa área é a análise, e por isso esse knowhow destes centros vale ouro. Bioinformática vale ouro. É emprego certo porque pouquíssima gente tem o conhecimento necessário (essa é a frase que eu mais ouço ultimamente em todas as áreas no Brasil). Também, precisa entender de biologia, matemática e programação, mas biólogos não suportam exatas, e exatos, bem, até gostam de bio, mas ganham muito mais em inicio de carreira em outras áreas do mercado de trabalho.
Então veremos o que fazer com as toneladas de dados gerados pelos simples, rápidos e baratos sequenciamentos.
Como uma proteína chega à sua forma? Pergunte ao seu PS3!
Você é gamer e não aguenta mais ouvir reclamações sobre o seu
Para isso, basta participar do projeto Folding@Home, idealizado pela Universidade Stanford.
Lançado em Outubro de 2000, tem como objetivo simular o enovelamento de proteínas e compreender como elas atingem sua estrutura tridimensional de modo tão rápido e, ainda assim, bastante confiável.
As proteínas, como sabemos, são fundamentais à vida. A queratina, por exemplo, é uma proteína importante de nossas unhas e cabelos, os anticorpos que garantem nossa defesa contra infecções são proteínas e só conseguimos respirar oxigênio de modo eficiente porque outra proteína, a hemoglobina, se encarrega de transportar e trocar oxigênio e gás carbônico em nosso corpo.
Exemplificando apenas uma fração de suas funções é fácil entender sua importância e imaginar que, caso ocorra algum defeito em determinada proteína, problemas podem surgir. É o que acontece nas doenças da vaca-louca (chamada, na verdade, de Encefalopatia Espongiforme Bovina), de Alzheimer, Parkinson e muitas outras. Entender como cada proteína adquire sua forma é fundamental para a comprenssão e talvez até para o tratamento de um grande número de doenças.
O problema
Para se pesquisar o enovelamento dessas moléculas são necessários computadores muito potentes caros. Além disso, é um processo bastante demorado. Apesar de algumas proteínas serem “montadas” em um milésimo de segundo, uma simulação de computador é muito complexa.
Um dia de computação é suficiente para simular 1 nanosegundo (um milionésimo de segundo), mas como o enovelamento ocorre aproximadamente em 10 microsegundos, ou seja, 10 mil nanosegundos. Nesse ritmo, a simulação acima demoraria algo em torno de 10 mil dias… mas quem tem 30 anos para esperar pelo resultado de um experimento?
A solução
É aqui que entra o Folding@Home e você, da sua casa, pode contribuir: para se dimunir esse tempo de espera absurdo é preciso “apelar” para algo chamado dinâmica distribuída.
O grupo do projeto desenvolveu algoritmos que dividem o trabalho de simulação por múltiplos processadores. Cada participante do projeto que descarrega o software do Folding@Home em seu computador/PS3 conecta seu hardware a um supercomputador virtual encarregado de rodar esses processos!
Veja abaixo um dos resultados gerados na dinâmica molecular feita no projeto. Não parece, mas o pequeno vídeo abaixo é resultado de meses (pelo menos) de trabalho:
Abaixo, um vídeo hilário que ensina donos de sonho de consumo PlayStation 3 a participarem:
A página principal do projeto é http://folding.stanford.edu/English/Main, conheça mais e faça parte dessa grande iniciativa!
A ingenuidade de Bill Gates sobre a Biologia
Caro Bill Gates,
Sinto informar que células não são tão rápidas quanto elétrons. Mais que isso: burocracia para mexer com gente e com o ambiente não é tão simples quanto programar um software.
Digo isto em vista da reportagem do New York Times, repassado pela Época, sobre o balanço dos investimentos em pesquisa em saúde feitos pela fundação Gates.
“Cerca de 1.600 propostas chegaram, e as 43 principais eram tão promissoras que a Fundação Bill & Melinda Gates liberaram US$ 450 milhões em bolsas de cinco anos _ mais de duas vezes a estimativa inicial.
Recentemente, a fundação chamou todos os cientistas a Seattle para avaliar os resultados e decidir quem seguirá recebendo os financiamentos. Numa entrevista, Gates soou de certa forma moderado, dizendo diversas vezes: “Nós fomos ingênuos”.”
Mas na verdade não dá pra saber se ele foi ingênuo ou enganado pelo hype alardeado pelos projetos. Afinal o objetivo de escrever um projeto é justamente convencer a todo custo quem o lê. O famoso “puxar a sardinha pro seu lado”, coisa que as vezes (muitas vezes) os cientistas fazem exagerando nas expectativas e enviesando as perspectivas. Outra coisa é que tem vários ganhadores do Nobel participando, e convenhamos que receber um projeto de um cara desses e dizer “não” não deve ser fácil.
Fato é que ele parece não ter gostado do resultado. E muita gente, incluindo um comentarista da reportagem acima, os cientistas e o próprio Bill Gates acham que o dinheiro investido nessas pesquisas foi algo bem significativo! Quando na verdade o gasto é irrisório comparando com gastos militares por exemplo. Para entender meu ponto de vista você precisa ler este texto espetacular do 100 Nexos, onde se lê que antes do telescópio Hubble, o instrumento mais fantástico da astronomia por muito tempo, que ajudou a desvendar milhares de mistérios do espaço, do tempo passado e do futuro, é uma aplicação tardia de um projeto de satélites-espiões que somaram 9 em nossa órbita!
Ou seja, enquanto mendigamos por recursos para a astronomia e também para outras áreas como a saúde e o bem-estar humano, uma quantia gigantesca é gasta sem que nós sequer saibamos onde.
Obrigado Bill Gates, continue assim gastando parte da sua fortuna pelo bem do próximo (e olhem que eu não estou nem questionando o como essa fortuna foi adquirida), mas acho que mesmo este esforço é uma gota num oceano de descaso pela vida humana.
Rafael Soares - Biólogo formado pela UNESP - Rio Claro e doutor pela Biotecnologia da USP. Atualmente realiza pós-doutorado na área de neurociência comportamental e molecular.
Gabriel Cunha - É mestre em ciências (UNIFESP), onde faz doutorado em biologia molecular. Também é ligado na área de educação em ciências e criador do 
