Um conjunto interessante de vários bancos de dados extremamente úteis em engenharia genética, metabólica, biologia molecular, de sistemas, e para a própria biologia sintética; separados em três categorias.

Bancos de Dados de Sequências Genômicas

COGs – Classificação filogenética de proteínas codificadas em genomas completos baseada em comparação de sequências proteicas

 

DDBJ – Banco de dados de sequências de nucleotídeos e suas descrições biológicas

 

DEG – DEG abriga dados de genes essenciais atualmente avaliáveis dentre uma grande quantidade de organismos

 

EMBL –  Banco de dados de sequências de nucleotídeos pruzido por uma colaboração internacional entre GenBank e DDBJ

 

 

GenBank – O banco de dados de sequências genéticas dos institutos estadounidenses de saúde, uma coleção comentada de todas as publicações com sequências de DNA disponíveis

KEGG – Um banco de dados abrangente de sistemas biológicos, incluindo genes, enzimas, metabólitos, reações e vias metabólicas

 

 

MaGe – Sistema de anotação sobre genomas microbianos

 

TIGR – Banco de dados do Instrituto J. Craig Venter

 

Plasmid Databases: Links de várias fontes de sequências de plasmídeos

 

Bancos de Dados de Proteínas, Enzimas e Expressão Gênica

BRENDA: Um sistema de informação de enzimas abrangente

 

ExPASy: Análise de sequências de proteínas e estruturas

 

 

GEO: Uma curadoria online de fontes para expressão gênica

 

 

InterPro: InterPro é o database de famílias de proteínas, domínios, regiões, repetições e sítios em que características identificáveis encontradas em proteínas conhecidas podem ser aplicadas à novas sequências proteicas

PANTHER: Uma fonte única que classifica genes por suas funções, usando experiências científicas publicadas e relações evolutivas para predizer a função mesmo na ausência de evidência experimental direta

Pfam: O banco de dados Pfam é uma larga coleção de famílias de proteínas, cada uma representada por uma sequência múltipla de alinhamentos de sequências e Modelos Ocultos de Markov (HMM em inglês)

TCDB: Um abrangente sistema de classificação aprovado pela UIBMB (União internacional de Bioquímica e Biologia Molecular) para proteínas de transporte em membranas, conhecido como o sistema de Classificação do Transportador (tradução livre)

TransportDB: Um database abrangente sobre informações de transportadores da membrana citoplasmática e canais de membranas externas em organismos que as sequências completas do genoma estão avaliáveis

UniProt: Uma abrangente, de alta qualidade, e de acesso livre fonte de informação de sequências proteicas e suas funcionalidades

 

 

Bancos de Dados de Vias Metabólicas

BiGG: Um banco de dados sobre muitas redes metabólicas reconstruídas

 

Biomodels: Um database de modelos comentados já publicados na literatura